啟動香精香料噴霧干燥機前應進行必要的準備工作。 
首先檢查各個裝置的軸承和密封部分連接處有無松動，各個機械部件的潤滑油狀況以及各個水、風、漿管閥口等是否處于所需位置。然后接通電源檢查電壓和儀表是否正常，香精香料噴霧干燥機，后檢查料漿攪拌桶內料漿的量以及濃度等情況，若出現問題應及時排除。 
隨后依次開啟送風機、抽風機，低溫真空噴霧干燥機，接著打開加熱開關開始升溫。當出料口溫度達到設定溫度時(一般為130℃左右)，啟動料泵和除塵系統。當泵壓達到2MPa后，打開噴槍開始造粒。噴霧干燥機運行后，應及時觀察霧化情況及料泵工作狀況，若出現堵槍現象需立即清洗或更換噴嘴。 
噴霧干燥機正常運行后，還應定時收料、定時檢查各系統運行情況，記錄各工藝參數，并注意清理振動過濾篩。 
工作結束時，應首先關停加熱裝置，停止燃氣機運行。然后關閉噴槍閥門，更換噴槍，擰下噴嘴并沖洗干凈。當進口溫度減低到100℃以下后可以停止送風機和抽風機的運行。接著清理干燥塔和除塵器內余料，關閉除塵器及氣錘，后關閉總電源，完成生產操作。如遇緊急情況，必須立即關停噴霧干燥機，應首先關停送風機和料泵。如果突遇停電，應拉出燃氣機，使塔體自然降溫，然后打開排污閥，排盡料漿管道內漿料，并清洗噴霧干燥機。 
噴霧干燥機長時間運行或因操作不當，部分噴霧干燥機內會出現集料而影響正常運行，此時需停止工作進行清洗。對于干燥塔內集料的清理，應打開清掃門，香精香料噴霧干燥機，用長把掃帚掃除漏斗形底部集料，打開出料閥，用自來水沖洗塔內。旋風分離器內集塵的清除，同樣需要打開旋風分離器，用掃帚清掃集料，必要時也需用水沖洗。對于袋式除塵器的清理，應打開控制開關，連續敲打，然后打開清洗門，敲打布袋除塵器，后更換過濾袋。對于料漿管路系統的清理，應打開雙向過濾器的排污閥，清洗過濾器濾網和管路，然后打開料泵，以水代料，清洗泵管、穩壓包及管道。經過一段時間(一般600h左右)的運轉，需對噴霧造粒干燥機進行必要的檢查與養護。對于供料系統，應檢查過濾器、管道、閥門、噴嘴等，看有無堵塞，定時清洗，檢查噴嘴磨損情況以便及時更換。應檢查料泵是否漏油，打壓是否正常，油位是否正常等。對于風機，應查看軸和軸承是否缺油發熱，有無震動、噪音等，必要時清洗風葉和對風葉做平衡校對。對于加熱器，應檢查熱管是否正常，必要時清洗油管、油泵、油嘴三處的過濾網。另外，還應留意各電動機有無發熱、振動、異聲等情況，控制柜的儀表和電器工作是否正常等。